國內跨境物流管理中面臨的主要問題：
1.政策：跨境物流管理的法律法規不完善
為了加快對外貿易的發展，中國制定了相關的跨境電子商務法律法規和相關政策，對跨境貿易稅收、海關、外匯等給予了相關的優惠和支持，但在實施這些法律法規的過程中，由于跨境物流管理的法律法規不完善，導致信息流、通關困難、供應鏈管理障礙等成為阻礙和制約跨境物流發展的重要因素。
2.跨境物流管理體系不完善
從現實來看，與第三方物流協作是跨境物流的一個重要渠道。近年來，跟著跨境電子商務的迅速開展，許多物流公司在海外不斷擴張，形成了順豐、圓通等世界物流系統。但是，因為基礎設施不完善、供應鏈管理不完善、盲目尋求快速開展，加上行業中的一些弊端，缺乏零部件、惡性競爭、資金走私等現象沒有得到遏制，跨境物流管理系統也不完善。
3.高成本物流與服務管理的矛盾
跨境物流發展至今已有數年。在多種因素的推動下，高成本物流與服務管理之間的矛盾已成為制約跨境物流發展的最大瓶頸。一方面，由于缺乏公司規模、資金鏈、管理和技術等方面的因素，很難優化買方的采購經驗；另一方面，跨境物流成本不斷上升，服務創新的困境，跨境物流的行業痛點依然存在。矛盾的是，國際貿易發展的方向是貿易便利化，而要實現貿易便利化，首先要做的就是實現貿易的現實。在此基礎上，實現物流信息化、自動化、現實的跨境物流，還有發展和提升的空間。
4.跨境物流管理專業人才不足
我國跨境電子商務起步較晚，體制不完善，人才匱乏已成為跨境電子商務發展的最大困境，而在跨境電子商務服務和管理中，跨境物流管理人才匱乏。事實上，跨境物流是一門綜合性的學科，跨境物流管理人員需要具備專業的物流管理知識，需要具備相關的法律法規知識、外貿知識、電子商務知識、報檢業務知識等。然而，從目前來看，我國許多高校都開設了物流管理和跨境電子商務專業，但缺乏跨境物流管理專業，不利于跨境物流管理人才的培養。
