日本清關時需要注意以下問題：

清關文件準備齊全：清關前需要準備提單、發票、裝箱單等基本文件，確保三者信息一致。針對木托盤或木包裝，需要提供熏蒸證明；進口凍品需要提供消毒證明；部分商品需要提前申請進口許可證。此外，還需提供報關委托書、報檢委托書、提貨委托書等授權文件。

如實申報貨物信息：按照產品名稱和真實市場價值進行申報，避免低申報。單票快件價值達到80美金、貨物重量達到20公斤及包類、鞋類、針織品類，無論重量大小及申報價值高低，都必須提供通關用形式發票。申報單價至少按正?？墒坻溄拥?0%申報，具體需根據海關要求調整。同時，需要如實申報貨物數量，確保與實際裝箱一致，嚴格做到貨單相符。

確保貨物不侵權：日本海關對侵權產品把控嚴格，一旦貨物被認定為侵權，將被銷毀，并可能追究法律責任和經濟處罰。因此，需要特別注意貨物是否涉及侵權，尤其是玩具類和3C電子類產品。

提供準確的收件人信息：清關時需要有當地收件人的正確聯系方式，日本海關可能會撥打電話給收件人核實信息。此外，日本亞馬遜在當地沒有進口權，所有發往日本亞馬遜的貨物都必須有進口權貨物才能完成清關，因此需要有一個日本當地的進口商作為收件公司，并提供收件公司的地址、電話和收件人信息。

注意特殊產品的認證要求：所有直接或間接與口接觸的產品，以及涉及藥事法、他法令產品的貨物，都需要做認證。若未遵守日本相關法律要求，貨物可能會被拒絕清關。

關注海關查驗與防疫要求：海關有權對貨物進行查驗，需配合海關工作。針對進口凍品等高風險貨物，海關可能要求提供消毒證明或靜置等待防疫期滿。此外，年底海關查貨率可能會提高，需特別注意如實申報。

注意包裝與標識要求：包裝需堅固、完好、輕便，便于搬運、裝卸和碼放。包裝外面不能有突出的釘、鉤、刺等，且需整潔、干燥、無異味和油漬。物品應固定在包裝箱內，與箱體間不留空隙，使用填充物填滿。箱子內包裝物品間不得相互碰撞，若有間隙可使用填充物填滿。此外，外箱需體現箱數，如“XMEPS-JP-KIX4，1-20”，并標注“MADE IN CHINA”。產品及產品包裝上的LOGO不可帶有侵權的紋路、圖案及文字。

日本清關時需特別注意清關文件的準備、如實申報貨物信息、確保貨物不侵權、提供準確的收件人信息、關注特殊產品的認證要求、配合海關查驗與防疫要求，以及注意包裝與標識要求。通過提前準備和嚴格遵守相關規定，可以確保貨物順利清關，避免延誤和損失。