日本物流常見的附加費有以下幾種：

1、偏遠地區附加費：一些地理位置較為偏遠的地區，如北海道、沖繩等，由于運輸成本較高，物流公司通常會收取偏遠地區附加費。收費標準一般是加收 5 - 10 元 / KG，最低收費 500 - 800 元 / 票，并且可能對貨物尺寸有限制，如只接收三邊≤160cm 的貨物。

2、品名申報附加費：如果申報的物品是衣服、褲子、鞋包等高關稅商品，或者帶有特殊標志，以及品名超過 5 個、產品 PCS 超標的，物流公司會收取品名申報附加費，因為這些情況會使申報流程變得復雜，增加物流公司的成本。

3、超長附加費：不同快遞公司對于超長的標準不同。例如，DHL 國際快遞規定貨物單邊長度≥120cm 就要征收附加費；在雙清到門服務中，2 寬 + 2 高 + 1 長 > 260cm，或者最長邊超過 100cm，或第二長邊超過 75cm，滿足其中一個條件都會收取超長附加費，超過的長度越多，費用越高。

4、超重附加費：當單個包裹超過 22 公斤時，快遞公司一般會收取超重附加費，如雙清到門服務中，單件高于 22kg，收取超重附加費 180 元 / 件。

5、港口附加費：因港口特殊情況產生，如港口擁擠、裝卸設備有限、船舶擁擠、海關檢查等，具體費用由船公司和貨代根據實際情況確定。

6、燃油附加費：因油價上漲等原因產生，由船公司或貨代根據市場行情確定，會根據燃油價格波動進行調整，調整頻率可能是每月或每季度一次。

7、送貨附加費：因送貨方式不同產生，比如快遞方式比普通物流費用高，客戶選擇快遞送貨可能需支付額外費用。

8、文件處理費：用于處理運輸過程中的各種文件和單據，如提單、發票、裝箱單等，金額由船公司和貨代根據實際情況確定。

9、貨幣轉換費：因日元與其他貨幣匯率變動產生，如果匯率波動導致貨幣轉換次數增多，客戶可能需支付更多費用。

10、稅金附加費：因各國稅收政策不同產生，在日本主要涉及關稅、消費稅等，會影響運輸成本。

11、特殊貨物附加費：對于危險品、食品、冷凍貨物等特殊貨物，由于運輸過程中需要采取特殊措施和設備，會產生額外費用。

12、清關手續雜費：貨物進口或出口時，因清關手續復雜產生，包括海關檢查、檢疫檢驗等環節產生的費用。

13、堆場費：將貨物儲存在港口或物流中心期間產生的費用，包括貨物的入庫、出庫、裝卸、倉儲和保管等環節的費用。

14、終端附加費：將貨物從港口送到最終目的地產生的費用，包括貨物的運輸、配送、裝卸、進出口手續等費用。

15、超齡庫存附加費：在亞馬遜日本站，存放時間超過 365 天的庫存，會提高此費用。

16、倉儲利用率附加費：適用對象為使用專業賬戶且倉儲利用率超過 26 周的賣家，大件和超大尺寸商品、非服裝和鞋靴類商品的小號和標準尺寸分段商品、服裝和鞋靴類商品的所有尺寸分段商品，都可能收取此費用。

日本物流的附加費種類繁多，涵蓋了運輸、倉儲、清關等各個環節，其產生的原因主要是由于運輸距離、貨物特性、市場行情、政策法規等多種因素。在選擇日本物流服務時，客戶需要充分了解這些附加費的收取標準和規則，以便準確評估物流成本，做出合理的物流決策。